夏代，南阳是夏王朝的统治中心。《史记》卷129《货殖列传》说：“颍川、南阳、夏人之居也。”《汉书》卷28下《地理志下》说：“颍川、南阳本夏禹之国。”夏王朝为了防御南方三苗集团的进攻，在南阳建立据点，作为控制汉水一线的天然屏障。早在尧时，尧曾战于“丹水之浦”以服苗蛮，舜曾封其子于商。夏文化一直是考古学、历史学者最为关注的课题之一。南阳境内也出土了一些夏代文物资料。淅川下王岗发现有相当于夏文化的二里头文化层。镇平等地也发现有夏代的文化遗物。由于南阳在夏代重要的历史地位，给后来的南阳人留下了深刻印象，所以在西汉时南阳人还以“夏人”自居。据金文和甲骨文材料可知，当时南阳境内的方国有被称作“九州之戎”的姜姓部落。

商周时期，南阳是商周王朝的“南土”、“南国”。商代晚期的甲骨文表明，在殷王武丁时期，武丁南征虎方时曾在曾（又作缯，今方城县一带）设置行帐。殷代末年，南阳境内的一些方国如彭、吕、巴等为周文王所化，与姬周建立联盟，参加了周武王伐商之役，最后灭掉了暴殷的统治，是周王灭商的最重要盟国。由于姬姓的周王朝与姜姓的申、吕诸国联盟较早，再加上姜姓的申、吕等国是“太岳”之后，“山岳则配天，物莫能两大”。所以姬、姜世代互为婚姻。西周王朝建立后，不仅分封了一些周王朝关系密切的申、吕等姜姓封国，同时为了加强对整个南方和淮河流域的控制，还分封了唐、曾（又作缯）等姬姓封国，另外还有任姓的谢国、嫚姓的邓国等众多方国，从而形成了南阳境内方国林立的局面，我们称之为方国文化。最著名的当属申国，为了加强周王朝对南方的统治，周宣王在周宣王七年（公元前821年）委其舅申伯以重任，改封申伯于南阳盆地，在原谢国（南阳市东南）的土地上，建邑立国，建立申国，在今南阳市东北营建申城，以图“南土是保”。《诗·大雅·崧高》对申国申伯的政绩作了详细地描述：“王文元舅，文武是宪。申伯之往，柔惠且直。揉此万邦，闻于四方。”申国政通人和，威震四方，誉满万国，诸侯称服。申国的建立为巩固周王朝对南方的统治确实起到了很大作用，遏制了南方诸国的北进，确保了周王朝南部统治的稳定。